Mots clés

Microbiote ; Holobionte ; Adaptation ; Virulence ; Culturomique ; Communication chimique tellurique ; Diversité ; Immunité végétale

Contexte et enjeux

L'un des défis actuels est de réduire l'utilisation de pesticides nocifs pour l’environnement et la santé humaine au profit de l’agroécologie qui propose des leviers permettant de protéger les plantes et d’assurer les productions agricoles. Parmi ces leviers, les communautés d'organismes associées aux plantes, comme le microbiote et la nématofaune, peuvent améliorer la tolérance et la résistance des plantes aux ravageurs et jouent ainsi un rôle clé dans la santé et la performance des plantes. Ce nouveau paradigme encourage l'exploitation de la biodiversité du sol et l'identification des facteurs influençant l’assemblage et la structuration des communautés microbiennes.

Questions et axes de recherche

Les deux objectifs de l’équipe sont de :

1/ Décrire et comprendre la diversité des assemblages des communautés microbiennes et des communautés de nématodes associées aux plantes, et les traits fonctionnels modulant la résistance directe et/ou indirecte des plantes à différents bioagresseurs telluriques ;

2/ Identifier puis valider les bases génétiques des interactions plante - microbiote en relation avec la santé des plantes et l’adaptation des bioagresseurs telluriques à la résistance variétale.

Pour répondre à ces objectifs, l’équipe développe une démarche interdisciplinaire pour identifier des traits impliqués dans les interactions tripartites et les processus évolutifs de ces interactions.

Modèles, outils, méthodes, compétences

Les principaux modèles étudiés dans l’équipe PMB sont :

• Des plantes cultivées : colza, pomme de terre, blé et carotte ;
• Plusieurs bioagresseurs telluriques : champignons, protistes et nématodes.

L'équipe PMB rassemble un effectif multidisciplinaire de chercheurs (7 chercheurs et 7 ingénieurs) et de personnel technique (7 permanents) ayant une expertise complémentaire en écologie des sols, étude des interactions plantes-microbiotes, nématologie, génomique des populations, métagénomique des communautés, métabolomique, (méta) transcriptomique, biologie moléculaire, microbiologie (culturomique), bioanalyse, bioinformatique, biostatistique, instrumentation, suivi mesures physiques, IoT (« Internet of Things »).

L’équipe a les compétences pour mettre en place des approches in situ et des approches expérimentales, ainsi que des d’approches ‘méta’ et ‘communautés synthétiques’ permettant de répondre à ses objectifs.

Les chercheurs de l’équipe animent ou sont participants de nombreux réseaux, ce qui renforce le projet de recherche de l’équipe :

Réseau NEMALLIANCE (alliance INRAE et ANSES) https://www.anses.fr/fr/content/nemalliance

Réseau Phytomic

Réseau E3GP3 (Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes) https://e3gp3.hub.inrae.fr/

Réseau RhizosPHARE https://spe.intranet.inrae.fr/le-departement/reseaux-thematiques/les-rhizodepots-au-caeur-d-un-nouveau-reseau-interdisciplinaire